โรงเรียนนิลประพันธ์ เมื่ออดีตพื้นที่ตั้งของโรงเรียน เป็นสวนทุเรียนที่มีความอุดมสมบูรณ์ เป็นที่ขึ้นชื่อของไม้ผลทุเรียนแห่งธนบุรี ครั้นต่อมาความเจริญได้พัฒนาโดยทางราชการได้ตัดถนนขนานกับคลองชักพระเข้าสู่เขตตลิ่งชันเพื่อให้มีการคมนาคมทางบกเพิ่มขึ้น นายยนต์ นิลประพันธ์ ซึ่งเป็นเจ้าของที่ดินดังกล่าวจึงได้เสียสละพื้นที่บางส่วนของสวนทุเรียนเพื่อให้ถนนตัดผ่านจึงทำให้มีถนนสัญจรไปมาเข้าสู่เขตตลิ่งชันได้จนปัจจุบันนี้
ครั้นต่อมา นายยนต์ได้พิจารณาอย่างละเอียดถี่ถ้วนแล้วมีความเห็นว่าในอนาคตเมื่อมีถนนตัดผ่าน สวนทุเรียนคงจะต้องทรุดโทรม ต้นไม้อาจเจริญเติบโตได้ไม่เต็มที่เพราะมลภาวะต่างๆ นายยนต์จึงได้ปรึกษากับลูกๆ ทุกคนว่ามีผู้ใดที่จะสามารถพัฒนาที่ดินแปลงนี้ให้เป็นประโยชน์และคุ้มค่า ก็จะเสียสละที่ดินสวนทุเรียนแปลงนี้ให้เพื่อความก้าวหน้า
จากการร่วมกันพิจารณาแล้วในที่สุด นายยนต์ได้มอบให้ พันเอก (พิเศษ) เรืองยศ นิลประพันธ์ (บุตรชาย) เป็นผู้รับไปดำเนินกิจการ โดยอนุญาตให้จัดการก่อตั้งโรงเรียนขึ้นมาเพื่อจะได้ใช้ประกอบอาชีพทำมาหากินให้หลานๆ เข้าศึกษาได้ใกล้บ้านโดยทุกคนที่ใกล้ชิดจะได้ร่วมมือ ร่วมใจกันทำงานจนถึงที่สุด
ในขั้นต้นได้ใช้ที่ดินเพียง 1 ไร่ 97 ตารางวา และเพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งการจัดตั้งโรงเรียนนี้ จึงใช้ชื่อว่า "นิลประพันธ์" นับว่าเป็นจุดประกายอย่างยิ่งที่ในเขตตลิ่งชัน จะได้มีโรงเรียนเอกชนเกิดขึ้นใหม่แห่งหนึ่ง โดยเจ้าของที่ดินพร้อมด้วยลูกๆ ได้เสียสละและบริหารงานด้วยตนเอง เพื่อเป็นการพัฒนาด้านการศึกษาของท้องถิ่นให้มีความเจริญก้าวหน้าสืบไป
เมื่อ พ.ศ. 2511 กระทรวงศึกษาธิการได้อนุญาตให้จัดตั้งโรงเรียน "นิลประพันธ์" ตามใบอนุญาตเลขที่ 35/2511 ลงวันที่ 23 พฤษภาคม 2511 ณ ที่ดินตำบลคลองชักพระ อำเภอตลิ่งชัน จังหวัดกรุงเทพมหานคร (ธนบุรี) เป็นอาคารไม้ 2 ชั้นแต่เดิมเปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึง ประถมศึกษาปีที่ 4 โดยนายยนต์ นิลประพันธ์ เป็นเจ้าของโรงเรียน และ นางอมรา นิลประพันธ์ เป็นผู้จัดการและครูใหญ่ เป็นโรงเรียนประเภทประถมศึกษาปีแรกที่เปิดสอนมีครูทั้งหมด 4 คน และนักเรียนทั้งหมดเพียง 27 คน
โรงเรียนได้ดำเนินกิจการมาตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2511 สามารถรับนักเรียนเข้าเรียนได้จำนวน 768 คน เป็นโรงเรียนเอกชน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.) กระทรวงศึกษาธิการ นายยนต์ นิลประพันธ์ ได้มอบภารกิจและกิจการทั้งปวงของโรงเรียนให้แก่ พันเอก (พิเศษ) เรืองยศ นิลประพันธ์ เป็นผู้รับใบอนุญาตสืบต่อมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2515 เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึง ประถมศึกษาปีที่ 7 (ปัจจุบันได้เปลี่ยนเป็นชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ตามพระราชบัญญัติการศึกษา ปี พ.ศ.2521)
พันเอก (พิเศษ) เรืองยศ นิลประพันธ์ ได้พัฒนาปรับปรุงโรงเรียนในด้านต่างๆ ให้ดีขึ้นเพื่อรองรับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้นโดยได้สร้างอาคารเรียนใหม่อีก 2 อาคาร เป็นอาคารตึก 2 ชั้น พร้อมกับได้รื้ออาคารไม้หลังเก่าออก สร้างเป็นอาคารตึกแทนเพื่อให้มีความมั่นคงถาวร ปลอดภัย และสง่างาม ปัจจุบัน นางวราภรณ์ นิลประพันธ์ ได้ปฏิบัติหน้าที่เป็นผู้จัดการและผู้อำนวยการ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2559 จนถึงปัจจุบัน